query on CMD; more chanages to happen

fixed an error in the example (due to prev rev)

a bit code cleaup

indent output

minor change

added JSON query

isblank() -> isspace()

no effective changes

simplified API a bit

fixed compilation error in the last commit

added deallocator

added API documentation

code cleanup

improved comments a little

bug for empty []/{}; check extra left brackets

rename brackets

added a bit error checking

A light-weight JSON parser

give kh_##name##_t a struct name

default to following redirect & no SSL certificate

Merge pull request #39 from jmarshall/kseq-eof

Fix ks_getuntil2() extra empty record at EOF bug

Fix ks_getuntil2() extra empty record at EOF bug

When the stream is an exact multiple of the buffer size, ks_getuntil2()
was returning a final empty record when it should have returned -1.
Fixed by moving the "EOF => return -1" check to after the read loop.

(See samtools/samtools#318 for an example of an error caused by a
spurious empty line at the end of a SAM file.)

Simplify 8d8d1a19f0c69b53d5ed8d9f6592dfa4b91c23f3 code changes

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

bug with incomplete read() call

See also issue #43 of seqtk

Merge pull request #38 from immerrr/enable-inline-macro-overrides

Enable overriding kh_inline from user code

Enable overriding kh_inline from user code

Merge pull request #28 from piki/fix-new_flags-leak

fix the leak that happens if krealloc fails

Merge pull request #31 from jmarshall/warnings

Silence -Wstrict-prototypes and static analyser warnings in klist.h

Silence -Wstrict-prototypes and static analyser warnings

Using "(void)" provides an explicit there-are-no-arguments prototype.
Using the exact type in "malloc(...sizeof)" is clearer and silences
warnings from clang's static analyzer.

fix the leak that happens if krealloc fails

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

don't seek when opening

If the input is a stream, it will always fail.

Merge pull request #26 from zhanxw/patch-1

Update ksort.h

Update ksort.h

From my personal communication, I got this suggestion:

 using inline incorrectly: see the C99 standard §6.7.4.  Please change to static inline (and report upstream). This also caused some clang compilation problem.

fixed a bug in seek

added a note about S3

added HMAC-SHA1 to drop the openssl dependency

allow to feed change key/secret/id-file

support the s3:// protocol

halve the buffer size

use fixed-length buffer with pause()

ignore signal

need to grow buffer

One multi_perform() frequently invokes multiple write_cb(). We have to use a
dynamic buffer. Hmm.. I really do not like the curl APIs, although I understand
why they are designed this way.

wrong dopen() interface

forgot ";"

forgot to alias kurl_t to knetFile

emulating knetfile APIs

added dopen()/buflen() and optional options

use larger buffer for remote files

Fixed slow sftp/scp connection

In curl/docs/examples/fopen.c, the developer didn't check maxfd set by
curl_multi_fdset() and supposed that calling select(0,...) is effectively
equivalent to sleep. While the comment is correct, timeout estimated by
curl_multi_fdset() is frequently too large - in my case 10 seconds. We seldom
need to wait that long.

In curl_multi_fdset.3, the cURL developers recommended to wait at least 100ms
if maxfd is set to 1. This is what I am doing in the revised code. It does
little harm.

better CLI

sftp connection is really slow. Don't know why.

better interface and documentations

knetfile-like interface to CURL

forgot the header file

For kt_for() it is actually not needed.

added a more flexible scheduler; not tested

not thoroughly

change the argument ordering

added the test program for kthread

reduced a redundant variable; fix for wrong tid

wait-free heap-free implementation of kt_for()

and also much simpler

simplified the kt_for() API

 * the local array can fit into the global data
 * sometimes caller needs to know thread id to maintain buffer

revert to kt_for()

the new version is buggy and even if I could fix it, I would not feel
confident. Perhaps I will come back later when I am more competent.

test C++

more versatile APIs

pass item index to function calls

kt_for() to be replaced by more complex but more versatile APIs

don't need this now, but maybe in future

fixed a dead loop when n_threads==1

bugfix: wrong integer type

but it does not really matter

no effective changes

documentation; better var names

let the main thread help the unfinished workers

more comments

forgot to remove debugging code

which causes bugs

fixed a typo

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

for C++ compatibility

use test-and-set for spin lock

working, but locking is slow

remove

parallelize simple "for" loops

parallelize simple "for" loops

removed incorrect comments

revert a change to ks_resize()

due to a mistaken merge

Merge pull request #21 from jmarshall/kstring

Make ks_resize(&kstr,kstr.l+1) useful for ensuring the string is allocated and NUL-terminated

Add kstring_t init/destroy documentation

Ideally these could be provided as ks_init()/ks_destroy(),
but those names are already in use with kstream_t.

Only canonicalise if there is room, and add docs

We could increment SIZE to ensure there would be room, but that would
disadvantage people using kstrings for binary data in power-of-2-sized
blocks.  Instead document that SIZE=KS.l+1 will ensure NUL-termination.

This fixes a bug in the previous version when the l<m invariant does not
hold (kputc_()/etc and manual manipulation only maintain the weaker l<=m);
hattip Rob Davies.

ks_resize() canonicalises the stored string

It ensures the string is NUL-terminated, especially in the case that
ks_resize(&kstr,1) has been used on a newly-created kstring_t to ensure
that kstr.s is not NULL.

Merge pull request #20 from jmarshall/kputl

Bug fix for kputl(), and kputw()/kputl() tests

Fix kputl(LONG_MIN) bug

Use an explicitly unsigned long, and do any negation as that type.

Make similar changes to kputw(), as the code is clearer.

Add kputw() and kputl() tests

Merge pull request #19 from jkbonfield/master

Error checking + updates from htslib

Merged with attractivechaos/klib:
- add upstream kvsprintf and rework ksprintf
- add upstream printf attribute checks
- use our kputw (has MIN_INT bug fix)
- keep our extra functions (kputc_, kputsn_, kputl)

Added ks_str and ks_len functions for tidier manipulation of
internals.

Added error checking to all functions that allocate memory and could
potentially fail; ie return EOF or negative values as per stdio
equivalents.

Merge pull request #18 from sciascid/master

Document -1 extra return code in kh_put().

Document -1 extra return code in kh_put().

Merge pull request #15 from yorhel/master

kstring printf improvements

kstring: Add printf format attribute to kvsprintf() and ksprintf()

This allows compile-time detection of format-string related bugs.
Although the macros only check for the GCC version, clang (and perhaps
other compilers too) have these macros defined and can recognize
the formatting attributes as well.

kstring: Add kvsprintf()

khash-0.2.8: use quadratic probing

change hash set to hash map

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib