wait-free heap-free implementation of kt_for()

and also much simpler

simplified the kt_for() API

 * the local array can fit into the global data
 * sometimes caller needs to know thread id to maintain buffer

revert to kt_for()

the new version is buggy and even if I could fix it, I would not feel
confident. Perhaps I will come back later when I am more competent.

test C++

more versatile APIs

pass item index to function calls

kt_for() to be replaced by more complex but more versatile APIs

don't need this now, but maybe in future

fixed a dead loop when n_threads==1

bugfix: wrong integer type

but it does not really matter

no effective changes

documentation; better var names

let the main thread help the unfinished workers

more comments

forgot to remove debugging code

which causes bugs

fixed a typo

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

for C++ compatibility

use test-and-set for spin lock

working, but locking is slow

remove

parallelize simple "for" loops

parallelize simple "for" loops

removed incorrect comments

revert a change to ks_resize()

due to a mistaken merge

Merge pull request #21 from jmarshall/kstring

Make ks_resize(&kstr,kstr.l+1) useful for ensuring the string is allocated and NUL-terminated

Add kstring_t init/destroy documentation

Ideally these could be provided as ks_init()/ks_destroy(),
but those names are already in use with kstream_t.

Only canonicalise if there is room, and add docs

We could increment SIZE to ensure there would be room, but that would
disadvantage people using kstrings for binary data in power-of-2-sized
blocks.  Instead document that SIZE=KS.l+1 will ensure NUL-termination.

This fixes a bug in the previous version when the l<m invariant does not
hold (kputc_()/etc and manual manipulation only maintain the weaker l<=m);
hattip Rob Davies.

ks_resize() canonicalises the stored string

It ensures the string is NUL-terminated, especially in the case that
ks_resize(&kstr,1) has been used on a newly-created kstring_t to ensure
that kstr.s is not NULL.

Merge pull request #20 from jmarshall/kputl

Bug fix for kputl(), and kputw()/kputl() tests

Fix kputl(LONG_MIN) bug

Use an explicitly unsigned long, and do any negation as that type.

Make similar changes to kputw(), as the code is clearer.

Add kputw() and kputl() tests

Merge pull request #19 from jkbonfield/master

Error checking + updates from htslib

Merged with attractivechaos/klib:
- add upstream kvsprintf and rework ksprintf
- add upstream printf attribute checks
- use our kputw (has MIN_INT bug fix)
- keep our extra functions (kputc_, kputsn_, kputl)

Added ks_str and ks_len functions for tidier manipulation of
internals.

Added error checking to all functions that allocate memory and could
potentially fail; ie return EOF or negative values as per stdio
equivalents.

Merge pull request #18 from sciascid/master

Document -1 extra return code in kh_put().

Document -1 extra return code in kh_put().

Merge pull request #15 from yorhel/master

kstring printf improvements

kstring: Add printf format attribute to kvsprintf() and ksprintf()

This allows compile-time detection of format-string related bugs.
Although the macros only check for the GCC version, clang (and perhaps
other compilers too) have these macros defined and can recognize
the formatting attributes as well.

kstring: Add kvsprintf()

khash-0.2.8: use quadratic probing

change hash set to hash map

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

test performance given packed struct

Merge pull request #14 from zjf/patch-1

typo correction

typo correction

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

bugfix: point address changes

Merge pull request #12 from leecbaker/master

Minor spelling fixes

Spelling corrections

bugfix: 2nd best score not set

because I was comparing (uint32_t)-1 with a positive integer...

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

added NW and SW-extension; backported from bwa

Merge pull request #11 from leecbaker/master

Minor spelling and grammar corrections in the readme

Spelling / grammar corrections in the README.

minor gramartical improvement

fixed typo

Explain the methodology

wrong markdown syntax...

Updated documentation

Two bugs reported by istreeter and wanghc78

Merge pull request #6 from johnm/master

Update kmin_test and add .gitignore

computed Kolmogorov-Smirnov's D

print tree in the Newick format

Merge pull request #7 from arrbee/libgit2-khash-extensions

Libgit2 khash extensions

Add khash foreach macros

This adds two convenient macros for iterating over all the keys
or all the values in a khash.

Add type casts to avoid warnings

On some build platforms, the assignments in the hash string fn
were generating warning messages.  This clears those up.

Add khash wrapper around inline

As with allocation functions, when embedding khash inside another
library, the use of the non-portable "inline" keyword can be tricky.
Instead of adding a #define of inline, this adds "kh_inline" which
can be defined as needed inside khash with better isolation.

Add allocation wrappers and error checking

When embedding khash in another project, it is convenient to be
able to replace the use of malloc/calloc/free with alternatives.
This wraps those calls with kmalloc/kcalloc/kfree, etc. macros
that can be easily redefined by the khash user to override the
allocators.

Additionally, the return value from allocations was not being
checked.  This adds a check whenever an allocation is performed
and a return code of -1 to indicate an allocation failure.

Reorganize khash decl macros to separate typedef

This separates the khash declaration macros into three pieces: one
to declare the type, one for the function prototypes, and one for
the function declarations.  This makes it easier to instantiate a
khash type one time and have a header with just the typedef and
prototypes.

The old macros are redefined in terms of the new ones.

Add basic .gitignore file.

Update kmin_test to use kmath merger.

Removed kfunc, kmin and krand

Each of these three libraries consists of a couple of hundred lines of code. I
think it does not harm too much if I put them together. I do not like too many
files...

merge kmin.*, kfunc.c and krand.* to kmath.*

I do not like too many files...

added another radix_sort from gorset/radix

hopefully the final version

improved my implementation of radix sort

a new radix sort implementation

The new one is adapted from Victor J. Duvanenko's implementation. It is faster
on random arrays, but slower on sorted arrays.

ditching combsort in radix sort

fixed compiling errors

added radix sort

for g++ compatibility

bugfix: empty fasta/q lines cause troubles

minor changes

changed the order

some basic bit operations

bugfix: segfault in ksw

bug in the latest keq.h

compatibility with the Windows line separator

kill errors and warnings by g++ -Wall

bug in some cases

another bug in u8; allow **qry set to NULL

bugfix: wrong score for KSW_XBYTE

bug caused by the last minute change

stop if >= not ==

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

refine the ksw APIs

find the start positions; fixed a bug in example

Merge pull request #3 from droe/master

khash: remove bogus kh_del() in example code

Remove bogus kh_del() in example code

The kh_del() causes the overwritten entry to be marked deleted and
subsequently not found when using kh_get().  For integer typed hash
tables, there is no need to check whether we are overwriting an existing
entry or creating a new one.

updated README

invoke a shell when necessary