Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

test performance given packed struct

Merge pull request #14 from zjf/patch-1

typo correction

typo correction

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

bugfix: point address changes

Merge pull request #12 from leecbaker/master

Minor spelling fixes

Spelling corrections

bugfix: 2nd best score not set

because I was comparing (uint32_t)-1 with a positive integer...

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

added NW and SW-extension; backported from bwa

Merge pull request #11 from leecbaker/master

Minor spelling and grammar corrections in the readme

Spelling / grammar corrections in the README.

minor gramartical improvement

fixed typo

Explain the methodology

wrong markdown syntax...

Updated documentation

Two bugs reported by istreeter and wanghc78

Merge pull request #6 from johnm/master

Update kmin_test and add .gitignore

computed Kolmogorov-Smirnov's D

print tree in the Newick format

Merge pull request #7 from arrbee/libgit2-khash-extensions

Libgit2 khash extensions

Add khash foreach macros

This adds two convenient macros for iterating over all the keys
or all the values in a khash.

Add type casts to avoid warnings

On some build platforms, the assignments in the hash string fn
were generating warning messages.  This clears those up.

Add khash wrapper around inline

As with allocation functions, when embedding khash inside another
library, the use of the non-portable "inline" keyword can be tricky.
Instead of adding a #define of inline, this adds "kh_inline" which
can be defined as needed inside khash with better isolation.

Add allocation wrappers and error checking

When embedding khash in another project, it is convenient to be
able to replace the use of malloc/calloc/free with alternatives.
This wraps those calls with kmalloc/kcalloc/kfree, etc. macros
that can be easily redefined by the khash user to override the
allocators.

Additionally, the return value from allocations was not being
checked.  This adds a check whenever an allocation is performed
and a return code of -1 to indicate an allocation failure.

Reorganize khash decl macros to separate typedef

This separates the khash declaration macros into three pieces: one
to declare the type, one for the function prototypes, and one for
the function declarations.  This makes it easier to instantiate a
khash type one time and have a header with just the typedef and
prototypes.

The old macros are redefined in terms of the new ones.

Add basic .gitignore file.

Update kmin_test to use kmath merger.

Removed kfunc, kmin and krand

Each of these three libraries consists of a couple of hundred lines of code. I
think it does not harm too much if I put them together. I do not like too many
files...

merge kmin.*, kfunc.c and krand.* to kmath.*

I do not like too many files...

added another radix_sort from gorset/radix

hopefully the final version

improved my implementation of radix sort

a new radix sort implementation

The new one is adapted from Victor J. Duvanenko's implementation. It is faster
on random arrays, but slower on sorted arrays.

ditching combsort in radix sort

fixed compiling errors

added radix sort

for g++ compatibility

bugfix: empty fasta/q lines cause troubles

minor changes

changed the order

some basic bit operations

bugfix: segfault in ksw

bug in the latest keq.h

compatibility with the Windows line separator

kill errors and warnings by g++ -Wall

bug in some cases

another bug in u8; allow **qry set to NULL

bugfix: wrong score for KSW_XBYTE

bug caused by the last minute change

stop if >= not ==

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

refine the ksw APIs

find the start positions; fixed a bug in example

Merge pull request #3 from droe/master

khash: remove bogus kh_del() in example code

Remove bogus kh_del() in example code

The kh_del() causes the overwritten entry to be marked deleted and
subsequently not found when using kh_get().  For integer typed hash
tables, there is no need to check whether we are overwriting an existing
entry or creating a new one.

updated README

invoke a shell when necessary

use fread() instead of fgetc() in example

free krand_t in the example

minor change

Mersenne Twister pseudorandom number generator

minor fix in the example

smart open

optionally declare kseq_*() as global functions

Graph related routines. Unfinished. DON'T USE!

improved backward compatibility

minor changes

fixed a bug in reading

expose bgzf_read_block()

added the BGZF library

fixed a compiling error using g++ (not gcc)

remove ksprintf_fast()

added ks_resize()

remove ksprintf_fast()

remove ksprintf_fast(); it is not that fast...

change the stepping hash function

allow to optionally use linear probing

bugfix: resize() cannot shrink; added comments

speed up khash; see khash.h for details

removed an unused variable

added brief documentation

increase the buffer size to 16kb

added ksa to README

Constructing suffix array for multi-sentinel str.

drop kseq_read_robust()

fixed a potential memory leak

changed last-modifed

a faster but less robust implementation of kseq

added kstring_sprintf.cc

minor speed up

minor improvement

accelerate integer sprintf() a little bit

killed a warning

%g and %G should be working; more tests needed

implemented %f/e/g in ksprintf_fast(); unfinished

better implementation of ksprintf_fast()

added ksprintf_fast(); improve later...