sync with the khashl repo

support an ensemble of hash tables

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

use FNV1a for strings

Merge pull request #173 from jmarshall/memchr

Apply seqtk PR to improve kseq.h parsing performance

Add missing #include for read(2)

Align backspace character [cosmetic]

Apply memchr optimisation in the general delimiter case too

improve parsing performance

Doubles throughput; can now parse FASTA at 2GB/s.

added kh_exist()

Added LICENSE; resolves #149

added kavll_size()

changed the prefix of kavl-lite.h to KAVLL

changed the example in the kavl-lite.h header

changed to khashl-like APIs

added kavl-lite.h, without counting

added radix sort

fixed a bug in khashl; resolves #135

for compatibility with older g++

added an example

added specialized hash table types (map, set, etc)

added the C++ version

formatting changes to khashl.h

added khashl.h

more tests

RMQ apparently working on a small dataset

prepare not add dynamic RMQ (unfinished)

added counting back

kavl.h in C++

khash.h in C++

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

fixed a bug in ketopt

Happens when an option is the prefix of another option.

Merge pull request #123 from dnbaker/master

char *p to const char *p for const-correctness.

char *p to const char *p for const-correctness.

fixed a few typos in khash.h; resolves #110

added kavl.h and ketopt.h to README

Added a version of xoroshiro128+

removed MT19937-64.

revert to a single-header library

bug due to the last change

remember longidx

documentation

split ketopt.h into two files

improve test

for c89 compatibility

portable getopt_long()

fixed insert counting err; couting with del

kavl_find() gave wrong counts when equal

fixed a bug in kavl_find()

Eigenvalues for dense symmetric matrices

generalize kavl_itr_eq() to kavl_itr_find()

Also documented the iterator functions

use more robust comparison in examples

fixed a compiler warning

also check balance factor

added a simpler tree deallocator

faster way to delete the first node

added light documentation on kavl

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

added kavl.h

Intrusive generic AVL tree in ANSI C

find the largest chunk of free memory

Merge pull request #94 from daviesrob/kstrtok

Fix kstrtok finished flag check, undefined behaviour and sign extension issues

Fix undefined behaviour and sign extension issues in kstrtok

Prevent read beyond the end of sep if it's an empty string.

Change to internally use unsigned char to avoid unwanted sign
extension on platforms where 'char' is signed.

Fix undefined behaviour where pointers were made to the element
before the start of `str`:
https://www.securecoding.cert.org/confluence/display/c/ARR30-C.+Do+not+form+or+use+out-of-bounds+pointers+or+array+subscripts

Fixes the finished flag.

added Brent's root finding; not tested

added kalloc

README formatting

use long for forpool

Merge pull request #79 from pmelsted/master

Adds checks for failed reads and gzip files with corrupt crc.

Adds checks for failed reads and gzip files with corrupt crc.

forpool working

kt_for with a mini thread pool; buggy

deadlock on mac sometimes

added dequeue

kexpr: evaluate by return type

added a simple header for kthread

sync kthread with the one in minimap/bwa

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

draw a random number from Gaussian N(0,1)

Merge pull request #62 from innoink/master

fix spelling mistake

fix spelling mistake

added

simplified the kbtree iter a bit

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

added iterator interface to kbtree

and deprecated the old macro interface

Merge pull request #53 from jmarshall/kgetline

Add kstring kgetline() and ks_release() functions

Merge pull request #47 from jmarshall/unused-warnings

Prevent unused function warnings in khash.h, klist.h

Merge pull request #32 from jmarshall/getaddrinfo

Don't call freeaddrinfo() when getaddrinfo() fails

Don't call freeaddrinfo() when getaddrinfo() fails

POSIX is somewhat unclear here, but doing so segfaults on some
platforms.  Hat tip Kamil Slowikowski @slowkow.

Instead print a more detailed error message using gai_strerror().

Prevent unused function warnings in khash.h, klist.h

Recent versions of Clang warn about unused static inline functions
in .c files (though they suppress this warning for such definitions
in header files).  Definitions via KHASH_INIT etc are effectively in
the .c file, and it's impractical to make these inline other than
static inline; so add attributes to suppress these warnings.

Add kgetline() to kstring.c/.h

Similar to BSD's getline() but omits the \n terminator and manages the
memory as a kstring.  Call with "(kgets_func *) fgets" to read from stdio,
or implement an fgets()-style function to read from other streams, e.g.,
a wrapper around gzgets() that reorders its parameters as per fgets().

Add ks_release() to kstring.h

Using this function is a more explicit way of transferring ownership
than just "foo = str.s"; the latter leaves room for readers to wonder
whether a subsequent "free(str.s)" has been forgotten.

Merge pull request #52 from ihh/master

Fixed output bug where leaf branch length is not printed

Fixed output bug where branch length is not printed on branches to leaf nodes

fixed a bug and a portability issue

don't stop on undefined functions

set user-defined functions

code cleanup

don't return a parse error if see undef func

a little bit code cleanup

moved argument checking to ke_parse()

simplified ke_eval() with operator functions