Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

refine the ksw APIs

find the start positions; fixed a bug in example

Merge pull request #3 from droe/master

khash: remove bogus kh_del() in example code

Remove bogus kh_del() in example code

The kh_del() causes the overwritten entry to be marked deleted and
subsequently not found when using kh_get().  For integer typed hash
tables, there is no need to check whether we are overwriting an existing
entry or creating a new one.

updated README

invoke a shell when necessary

use fread() instead of fgetc() in example

free krand_t in the example

minor change

Mersenne Twister pseudorandom number generator

minor fix in the example

smart open

optionally declare kseq_*() as global functions

Graph related routines. Unfinished. DON'T USE!

improved backward compatibility

minor changes

fixed a bug in reading

expose bgzf_read_block()

added the BGZF library

fixed a compiling error using g++ (not gcc)

remove ksprintf_fast()

added ks_resize()

remove ksprintf_fast()

remove ksprintf_fast(); it is not that fast...

change the stepping hash function

allow to optionally use linear probing

bugfix: resize() cannot shrink; added comments

speed up khash; see khash.h for details

removed an unused variable

added brief documentation

increase the buffer size to 16kb

added ksa to README

Constructing suffix array for multi-sentinel str.

drop kseq_read_robust()

fixed a potential memory leak

changed last-modifed

a faster but less robust implementation of kseq

added kstring_sprintf.cc

minor speed up

minor improvement

accelerate integer sprintf() a little bit

killed a warning

%g and %G should be working; more tests needed

implemented %f/e/g in ksprintf_fast(); unfinished

better implementation of ksprintf_fast()

added ksprintf_fast(); improve later...

added Makefile

move testing program to a separate directory

change to 0 indexed array

remove the thresholding version

do not use shift for the "short" version

fixed a bug in computing qe

added 16-bit sse2; query-end seems wrong, sometime

find the 2nd best score; still imperfect...

use integer gmax; code cleanup

minor change

prepare to keep the 2nd largest score

keep the ending position

update README

a heuristic to relax the 255 max score limit

simplify a bit

fixed a stupid bug

added reverse alignment

more comments

added license and a couple of comments

Added a simple CLI

added a few comments

allocate query profile in one memory block

incorporate ideas from swps3

SSE2 Smith-Waterman; unfinished

bugfix in os.getopt(): "-" not recognized

C verions of Keith's C++ progs; see inner comments

all minor changes

added Spearman coefficient

added Pearson correlation coefficient

code cleanup in intvovlp

added some comments

added quick overlap testing

benchmark performance given unaligned memory

Added ks_shuffle() and ks_sample()

fixed a bug in example

changed some comments

added table.shuffle()

update README

Move klua here and rename klua to klib

benchmark mergesort on sorted arrays

Allow to init global functions (0.2.5)

accelerate kstrtok()

avoid a segfault when connection fails

Change /2 to >>1. Surprisingly this improves the speed...

Updated README

Changed all to most

Update README

Added the knhx library

Added the kfunc library

Added the khmm library

Added the knetfile library

Added kvec.h and klist.h

Added the license to kmin