Merge pull request #53 from jmarshall/kgetline

Add kstring kgetline() and ks_release() functions

Merge pull request #47 from jmarshall/unused-warnings

Prevent unused function warnings in khash.h, klist.h

Merge pull request #32 from jmarshall/getaddrinfo

Don't call freeaddrinfo() when getaddrinfo() fails

Don't call freeaddrinfo() when getaddrinfo() fails

POSIX is somewhat unclear here, but doing so segfaults on some
platforms.  Hat tip Kamil Slowikowski @slowkow.

Instead print a more detailed error message using gai_strerror().

Prevent unused function warnings in khash.h, klist.h

Recent versions of Clang warn about unused static inline functions
in .c files (though they suppress this warning for such definitions
in header files).  Definitions via KHASH_INIT etc are effectively in
the .c file, and it's impractical to make these inline other than
static inline; so add attributes to suppress these warnings.

Add kgetline() to kstring.c/.h

Similar to BSD's getline() but omits the \n terminator and manages the
memory as a kstring.  Call with "(kgets_func *) fgets" to read from stdio,
or implement an fgets()-style function to read from other streams, e.g.,
a wrapper around gzgets() that reorders its parameters as per fgets().

Add ks_release() to kstring.h

Using this function is a more explicit way of transferring ownership
than just "foo = str.s"; the latter leaves room for readers to wonder
whether a subsequent "free(str.s)" has been forgotten.

Merge pull request #52 from ihh/master

Fixed output bug where leaf branch length is not printed

Fixed output bug where branch length is not printed on branches to leaf nodes

fixed a bug and a portability issue

don't stop on undefined functions

set user-defined functions

code cleanup

don't return a parse error if see undef func

a little bit code cleanup

moved argument checking to ke_parse()

simplified ke_eval() with operator functions

use operator functions

support single-quotation mark and escaping

command line assignment

check unknown function names

return final type

support assignment

fixed a bug related to functions

added a few unary functions

eval working

changed a variable name

added ** and //

support ","

parse math expression with Shunting-yard

a bit more comments

allow to change pipeline threads

kt_pipeline() example

erh... wrong link in the last commit

added a link to the new doc

added links to the new tiddlywiki doc

kson_query() -> kson_by_path() for clarity

simplified format() due to a later change

rename a member var for clarity

removed *error from kson_parse()

Few would be interested in this error code

removed kt_spawn(); added kt_pipeline()

missing include

get rid of stdint.h for portability

minor

minor change

simplified the struct

simplified the struct a little

simplified API

query on CMD; more chanages to happen

fixed an error in the example (due to prev rev)

a bit code cleaup

indent output

minor change

added JSON query

isblank() -> isspace()

no effective changes

simplified API a bit

fixed compilation error in the last commit

added deallocator

added API documentation

code cleanup

improved comments a little

bug for empty []/{}; check extra left brackets

rename brackets

added a bit error checking

A light-weight JSON parser

give kh_##name##_t a struct name

default to following redirect & no SSL certificate

Merge pull request #39 from jmarshall/kseq-eof

Fix ks_getuntil2() extra empty record at EOF bug

Fix ks_getuntil2() extra empty record at EOF bug

When the stream is an exact multiple of the buffer size, ks_getuntil2()
was returning a final empty record when it should have returned -1.
Fixed by moving the "EOF => return -1" check to after the read loop.

(See samtools/samtools#318 for an example of an error caused by a
spurious empty line at the end of a SAM file.)

Simplify 8d8d1a19f0c69b53d5ed8d9f6592dfa4b91c23f3 code changes

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

bug with incomplete read() call

See also issue #43 of seqtk

Merge pull request #38 from immerrr/enable-inline-macro-overrides

Enable overriding kh_inline from user code

Enable overriding kh_inline from user code

Merge pull request #28 from piki/fix-new_flags-leak

fix the leak that happens if krealloc fails

Merge pull request #31 from jmarshall/warnings

Silence -Wstrict-prototypes and static analyser warnings in klist.h

Silence -Wstrict-prototypes and static analyser warnings

Using "(void)" provides an explicit there-are-no-arguments prototype.
Using the exact type in "malloc(...sizeof)" is clearer and silences
warnings from clang's static analyzer.

fix the leak that happens if krealloc fails

Merge branch 'master' of github.com:attractivechaos/klib

don't seek when opening

If the input is a stream, it will always fail.

Merge pull request #26 from zhanxw/patch-1

Update ksort.h

Update ksort.h

From my personal communication, I got this suggestion:

 using inline incorrectly: see the C99 standard §6.7.4.  Please change to static inline (and report upstream). This also caused some clang compilation problem.

fixed a bug in seek

added a note about S3

added HMAC-SHA1 to drop the openssl dependency

allow to feed change key/secret/id-file

support the s3:// protocol

halve the buffer size

use fixed-length buffer with pause()

ignore signal

need to grow buffer

One multi_perform() frequently invokes multiple write_cb(). We have to use a
dynamic buffer. Hmm.. I really do not like the curl APIs, although I understand
why they are designed this way.

wrong dopen() interface

forgot ";"

forgot to alias kurl_t to knetFile

emulating knetfile APIs

added dopen()/buflen() and optional options

use larger buffer for remote files

Fixed slow sftp/scp connection

In curl/docs/examples/fopen.c, the developer didn't check maxfd set by
curl_multi_fdset() and supposed that calling select(0,...) is effectively
equivalent to sleep. While the comment is correct, timeout estimated by
curl_multi_fdset() is frequently too large - in my case 10 seconds. We seldom
need to wait that long.

In curl_multi_fdset.3, the cURL developers recommended to wait at least 100ms
if maxfd is set to 1. This is what I am doing in the revised code. It does
little harm.

better CLI

sftp connection is really slow. Don't know why.